La temática de investigación que se sigue en el Instituto, deriva de las necesidades específicas de la producción acuícola que es definida a través de la observación y experiencia del personal académico en conjunto con el sector productivo, y que se dividen en cuatro grandes temas:

1. Patología y cultivo de Moluscos
2. Patología y cultivo de Crustáceos
3. Patología y cultivo de Peces
4. Inocuidad de los alimentos